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2008年、世界の音楽界に多大な影響を与えたことや、若手音楽家育成に尽力した功績が認められ、文化勲章を受章した。

2010年1月、人間ドックの検査で食道癌が見つかり治療に専念するために、同年6月までの活動を全てキャンセルすることを発表した。

食道全摘出手術を受け、同年8月に復帰。

同年開催のサイトウ・キネン・フェスティバル松本は一部プログラムで代役を立て総監督として出演。

2010年11月、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団により、名誉団員の称号を贈呈された。

2011年1月、悪化した腰の手術を受ける。
2012年3月7日、体力回復のため、1年間の指揮活動の中止を発表。

2012年8月31日、『小澤征爾さんと、音楽について話をする』（村上春樹との共著、新潮社）で小林秀雄賞受賞。

2013年4月1日、前年死去した吉田秀和の後任として水戸芸術館の2代目館長に就任。

2014年8月4日　長野県松本市の音楽祭「サイトウ・キネン・フェスティバル松本（ＳＫＦ）」が

翌 2015年から、小澤征爾の名を冠した「セイジ・オザワ松本フェスティバル」に生まれ変わることになったことを、実行委員会が東京都内で記者会見して明らかにした。