報告します。
色々と試してみた結果、解決しました。

5弦のペグとナットの間に装着していたリテイナーを外したところ、
チューナーと聞こえる音程とのズレが無くなりました。

ローポジで押弦した際の音でもこの現象は起きていたので
不思議ではありますが、テーパー弦のせいではなく
太い弦がきつい角度でナットに掛かっていた為に起きていたようです。

お騒がせ致しました。