サドルを調整すればある程度ピッチのずれは解消できるよ。一般的には3弦と6弦の接点を後方にずらす。オクターブピッチを矯正しても耳の良い人には多少の違和感は残る。そこはクラギの特徴と思うしかない。
これがエレキだったりすると押さえ方でかなりピッチをコントロールできる。