センターがずれてる(ずれてるように見える)と言う状況はいろいろあるのだけど、どうやって確認してる？

ナット側とボディー側で端弦とフレット幅の位置関係がおかしかったり、単にピックアップの位置がずれてたり、単にポジションマークが中心じゃないだけでネックがずれているわけではないなど。