木材の種類で音は変わるよ。
理由は弦を振動させるとギター本体も振動するから。
硬い木は小さく、柔らかい木は大きく振動する。
PUは弦の振動を磁力として検出して電力に変換するが
ギター本体が振動しているとPUも振動するのでその振動の違いにより
弦とPUの位置関係が変わり、検出する磁力に影響して音の違いとなる。
もっとも音に対する影響はPU、アンプ、エフェクター等の違いの方が
遥かに大きいから、実際に出て来る音で認識するのは難しいだろうけど。