厳密に考えたら力のかかり方が偏ってねじれの原因になるかも知れないが、もともと６本でも１弦と６弦じゃテンション違うしそれに耐えられる設計だからなぁ。

　弾かずに放置じゃなくて初心者がネックに慣れるまでの間一時的に外しておくくらいなら大丈夫じゃないの？

　個人的には弾かない弦はスポンジ挟んでミュートしておく、見た目にややこしいなら色をぬっておく方が良いと思うが。