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SRのウィンドウを隠して、何をアクティブにしました?
マルチタスクの仕様として、SRが非アクティブになっても、
プロセスの実行優先度は落とされるわけではないので
アクティブにしたプログラムが、Window表示の為にCPUを使って
SRの動きを邪魔してる可能性が高いと思います