FS1→FS2の順番で踏んだらFS1で呼び出したディレイとブースターはonのままなのでしょうか。
→はい

それぞれFS1、FS2でなくMIDIスイッチャーから送信されるCCをソースにして行う場合も同様でしょうか
→はい

同じスイッチでエフェクoff→違うスイッチでエフェクトonと2回踏まなければならず、正直めんどくさいです
→そうですね

これがFS3やMIDIでもエフェクトを呼び出したいとなると1パッチ16個のアサインで足りなくなるんじゃないかと不安です
→足りなくなると困りますね

本体やMIDIスイッチャーのFSを１回踏むだけで音色を切り替えられたらなぁ
→Coreを売ってGT-1000を買うことをおすすめします