個体について言えば、一般的な交配（血縁関係の遠い個体との交配）ではそのような少数派の劣性遺伝子を両親とも偶然に持っていることは少ない。
親の一方から少数派の遺伝子を受け継いでも、もう一方からそれを打ち消すような優性の遺伝子を受け継ぐ可能性が高く、結果としてその形質が子供に現れる可能性は低まる。
しかし近親交配の場合には、両親が同じ劣性遺伝子を持つ可能性が高いため、その劣性遺伝子が子に伝わって発現する可能性が高まる。端的に言えば先天性の病気や障害が起きやすくなるのである。