重機入れて水路を撤去する
新たに測量し直す
水路の土地と同等の面積の土地を水路所有者に差し出す
土地家屋調査士か司法書士に登記の修正してもらう
その土地に建築物を立てられる土地に生まれ変わる

だから重機入れる入れないって話してるんじゃん