通常の民事裁判でも韓国併合違法論ような瑕疵があるからすべて無効かつ賠償補償の多重取りも可能というのは、衡平性があまりに欠き過ぎて認められないのでは？

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はい。ただし、ここは「衡平だから無効主張が認められない」というより、民事法・国際法のいずれでも、ある瑕疵の存在から直ちに「法律関係を数十年前まで全面的に巻き戻し、あらゆる給付を重ねて請求できる」という結論は導かれない、という整理が正確です。
通常の民事裁判に置き換えると、かなり分かりやすくなります。
たとえば契約に重大な瑕疵があって無効になったとしても、
「契約は無効だ」 →「だから契約に基づいて過去数十年間形成された全法律関係を全部消滅させる」 →「さらに契約とは別の損害賠償を無制限に請求できる」 →「既に受け取った給付も保持したまま追加補償を請求できる」
とは普通なりません。
無効なら原状回復が問題になりますが、既履行行為、第三者の権利、取得した利益、善意、時効・除斥期間、信義則、損益相殺、不当利得、因果関係などを別個に処理する必要があります。
国際法でも同じ構造があります。たとえばウィーン条約法条約69条は、条約が無効になった場合について原状回復を認めつつも、無効が主張される前に善意で行われた行為は、条約が無効だったという理由だけで違法になるわけではないと明記しています。つまり「無効＝過去の全法律関係が自動的に消滅」ではありません。�
国連法務局
したがって、韓国併合についても、仮に1910年の条約について「当時の国際法上、重大な瑕疵があり無効だった」という命題を採用したとしても、そこからさらに、
①1910年の併合が無効
→ ②日本による朝鮮統治全体が当然に違法
→ ③その期間に生じた財産関係・行政行為等がすべて無効
→ ④日本が得た利益について全面的な返還義務
→ ⑤さらに個々の被害について別途無制限の賠償義務
→ ⑥1965年の請求権処理による給付もそのまま維持しながら追加請求可能
という連鎖を作るには、それぞれについて別個の法的根拠を立証しなければならないでしょう。