<自筆譜ではいろんなパートの段に添えられている、という理解で良いのかな >
そのとおり。ブルックナーの自筆譜では珍しくない。
したがって、特段注目すべきことでもないように思う。

<全集版で最上段だけ「(sempre)」と単語丸ごとカッコ付きなのはそういうことか>
まったくその通り!

<最上段の「langsam」に対応する「accelerando sempre」の書込はないのかな>
360小節、フルートの上に 「semp langsam」と書かれている
(6箇所のうちの1つとして)ので、なんとも言えない。
ただ、「langsam」単独の書き込みが、他とは異なる特別の指示であるとは見えない。
また、他の書き込みも個々に厳密に対応しているのではなく、楽譜全体から1つの
意思表示が醸し出されるといったイメージが当っているのではないか。

とにかく、自筆譜の現状から何かを引き出そうということは容易ではない。
この個所に関しては、印刷譜はほぼ自筆譜の意図どおりであると理解
すべきだろう。

<「accelerando」開始から木管は出番だけど、木管向けの指示は他の段に書いてある?>
フルートの上、すなわち最上段、およびファゴットの上(たぶんホルンに
書く場所が無いから)の2か所のみ。