もちろん減衰します。
だから再打鍵が必要ならバッハ自身がそう書くと言ったのです。
自分の判断で再打鍵する奏者も中にはいますが、
カデンツで既に根音が印象付けられているので
多少減衰してもあえて再打鍵するまでもないでしょう。

押しっぱなしの例：
http://www.youtube.com/watch?v=rXkN0TKZotA
　
再打鍵した例
http://www.youtube.com/watch?v=e6wNoZRkMig
（バッハの意図とは違うので強拍は避けていますね）