まぁ実験はそんなに難しくないと思うんだよな。
例えばSTでやるなら
①完品のネックを一本用意、塗装をしていないだけの状態の材の違うボディを用意する。
　そして、どちらかをボディを使って演奏できる状態に組み上げる。
②電気関係はジャックの手前にコネクタをつけて、ピックガードごと外せるようにする。
　両方のボディには同じメーカー、品番のジャックを予め取り付けておいて、コネクターを付けておく。
　これだとハンダ付けの上手い下手の影響を少しでも抑えることができると思う。
③ネックの付け替えの時は、同じ回数だけネジを回すようにする。
　ブリッジを乗せ換える場合も同じ要領で。
④弦は同じメーカー、同じゲージのものをそれぞれ新品にしてから音を出す。
⑤演奏時のアンプは同一個体を用い、同じセッティングで。
　シールドも同じものを使用し、演奏時にピックを使う場合は同じものを使う。

これだったら分かりやすい結果が出るんじゃないかと。
ただ、いろいろと面倒臭いのは間違いないんで、デジマあたりでやってくれないかねぇｗ