その部分はボディが弦振動を受け止めるいちばん大事なとこなので厳密に言えば穴埋め直しは音に影響あります
しかし同じ木材できちっと埋めて開け直ししてくれれば音への影響はわからないくらいに治してくれると思う
ナッシュビルかチューンOマチックかでも違うけどTOMということなのでしっかり穴を埋めるのが重要
　
あとその部分の塗装と言ってもタッチアップ程度でやってくれるとこならそんなにお金はかからないはず
どのくらい目立つかによるが
その程度で沢山お金を取りたがるリペアはやめといたほうがいい

でもまあTOMのサドルだけ別に買ってきてサドルの溝を寄せる方を先にやってみる手はあるね
自分のギブソンもそうだけどサドル溝って別にそれぞれ厳密にサドルの真ん中通ってるわけじゃないしね
それで案外問題ないならそのままで
やっぱりダサいと思ったらスタッド位置直しだな